海洋漁業生態學的內容首先透過基礎水產資源學、資源評估與管理、漁具與漁法等介紹，讓學生開始瞭解甚麼是漁業；接著邀請各類漁業研究專家，針對不同漁業物種進行生活史、族群動態、生態學分享；而不同於生態學的部分，漁業需邀相關的模式與資源管理計算出可以捕撈的數量與提供相關的管理評估；隨著科技進步與發展，以及不同海洋環境議題的出現，如氣候變遷，又將如何影響漁業與漁業生態，課程將導入跨領域跨世代的漁業管理與漁業發展介紹；最後，課程將以漁村社區總體營造及休閒漁業、產業鏈又如何思考一併為漁業貢獻等方面作為總結，希望同學們藉由此堂課綜合思考資源保育與復育、經濟與生態平衡、以及漁業資源的持續性與有效性的永續利用。